一方面溫度要保證樣品能全部汽化，而且不會發生高溫分解；另一方面，在合適的溫度范圍內，選擇的汽化溫度越高，高沸點物質的揮發程度越大，從而進入到色譜柱，易造成污染。所以在能滿足汽化需要的前提下，盡量選擇較低溫度，使高沸點物質盡可能的保留在進樣口玻璃襯管中。

原則是保證流出色譜柱的組分不會冷凝，同時滿足檢測器靈敏度的要求。大部分檢測器的靈敏度受溫度影響不大，所以檢測器溫度可參照色譜柱最高溫度設定，而不必精確優化。比如在使用OV-101或OV-1毛細管色譜柱時，FID的溫度可設定為300℃。

原則是既要保證待測物的分離，又要保證所有組分能流出色譜柱，且分析時間越短越好。柱溫是影響保留時間的重要因素，一般柱溫變化1℃，組分的保留時間變化5%；如果柱溫度變化5%，則組分的保留時間變化20%。

若進樣量過大，保留時間會變化，峰展寬或畸變，分離度變差；若進樣量太小，會拖后保留時間。所以，需保證合適的進樣量，如樣品濃度不超過10mg/mL時填充柱的進樣量通常為1-5uL，而對于毛細管柱，若分流比為50：1時，進樣量一般不超過2uL。

如果載氣流速過快，會降低分離效能；流速過慢，色譜峰容易拖尾或者前伸。此外，不同流速下，保留時間變化差別也很大。對于特定的色譜柱和色譜條件，樣品組分的保留時間和載氣流速成反比。

當某樣品分析需依照國家標準或者某行業標準，可依據標準色譜條件進行設置。